Tugas pokok Pengadilan Agama dan Mahkamah Syar'iah di Indonesia adalah menerima, memeriksa, dan mengadili, serta menyelesaikan perkara yang diajukan kepadanya. dalam menjalankan tugas peradilan mulai dari penerimaan perkara kemudian perkara diperiksa dan diputus di persidangan, serta pelaksanaan putusan pengadilan.